La Orden está regida y gobernada por el Cardenal Gran Maestre. En el gobierno de la Orden, el Cardenal Gran Maestre está ayudado por:

• El Gran Magisterio y su Presidencia
• La Consulta

El Cardenal Gran Maestre, es nombrado por el Sumo Pontífice entre los Cardenales de la Santa Iglesia Romana.

El Patriarca Gran Prior, es el Patriarca Latino de Jerusalén, el más alto Dignatario de la Orden, después del Cardenal Gran Maestre. El Patriarcado Latino de Jerusalén es la diócesis católica latina, cuyo territorio comprende Israel y Palestina, Jordania y Chipre (la Isla de Chipre no entra en los territorios tradicionalmente denominados como Tierra Santa).

El Asesor, es un Prelado, nombrado por el Cardenal Gran Maestre, con la aprobación del Sumo Pontífice. Representa a la Orden durante la vacante o el eventual impedimento del Cardenal Gran Maestre.

El Gran Magisterio, es convocado y presidido por el Cardenal Gran Maestre, quién determina el orden del día de la reunión. Esta formado por:

1. El Lugarteniente General

2. El Gobernador General

3. Los Vice-Gobernadores Generales

4. El Canciller de la Orden

5. El Maestro de Ceremonias de la Orden

6. Los otros miembros de la Orden, elegidos y nombrados por el Cardenal Gran Maestre, según criterios inspirados en principios de internacionalidad y de funcionalidad, en número no superior a doce, de los cuales serán laicos al menos las dos terceras partes.

Presidencia del Gran Magisterio, Designada por el Cardenal Gran Maestre, constituyen la Presidencia del Gran Magisterio:

1. El Gobernador General

2. Los Vice-Gobernadores Generales

3. El Canciller de la Orden

4. Eventuales miembros del Gran Magisterio designados por el Cardenal Gran Maestre

La Consulta, es convocada y presidida por el Cardenal Gran Maestre, quién determina el orden del día y forma parte de la misma:

1. El Patriarca Gran Prior

2. El Asesor

3. Los Miembros del Gran Magisterio

4. Los Lugartenientes y los Delegados Magistrales

5. Un representante de la Secretaría de Estado del Vaticano

6. Un representante designado por la Sagrada Congregación para las Iglesias Orientales.